Ein weiteres Ziel von medica mondiale ist die Dokumentation von Kriegsverbrechen vor Ort, da die Daten zu diesen Verbrechen weltweit sehr ungenügend sind. Nur wenn Kriegsverbrechen belegt, bezeugt und dokumentiert werden, können sie auch vor einem internationalen Kriegsverbrecher-Tribunal geahndet werden. medica mondiale dokumentiert die Verbrechen gegen Frauen und Mädchen und beobachtet In ausgesuchten Fällen die internationalen Strafprozesse, in denen Menschenrechtsverletzungen an Frauen verhandelt werden. 

Mit Hintergrundanalysen und Studien deckt medica mondiale die Ursachen und Hintergründe sexualisierter Kriegsgewalt und deren Folgen für die Opfer und Gesellschaft auf und beschäftigt sich mit Strategien zur Verhinderungen von Gewalt gegen Frauen in Kriegs- und Krisengebieten. Dabei kooperiert medica mondiale zum Teil mit Forschungseinrichtungen und Universitäten, die sich in medizinischer, psychotherapeutischer oder gesellschaftspolitischer Hinsicht mit dem Phänomen geschlechtsspezifischer Gewalt auseinandersetzen.